結論:税理士の変更だけで税務調査にはならない

結論から言うと、顧問の税理士を変更したという事実だけで税務調査の対象となることはありません。

「でも、実際に税理士を変更した直後に税務調査が入ったという話を聞いた」という場合、以下の理由が考えられるでしょう。

税理士の変更と税務調査がたまたま同時期になった 税務調査は、少なくとも過去3年、最大で7年まで遡って申告内容を調査するため、通常会社を設立して間もない頃に税務調査がやって来ることは滅多にありません。 起業して数年以上が経過しており、これまでに税務調査を受けたことがない場合、たまたま税理士を変更したタイミングで税務調査がやって来ることがあります。その際に「税理士を変更したから税務調査が入ったのだ」と勘違いしてしまう可能性があるのです。

税理士の変更により、会計処理に大きな変更が発生した 税理士を変更した事実だけで税務調査の対象とはなりませんが、税理士の変更によって、例年の会計処理に大幅な変更が加わった場合には、そのことが原因で税務調査が入る可能性はあります。 経費を大幅に増やしたり、計上する科目をガラッと変える、といった変更を加えたりすると、例年の申告内容に比べて帳簿上の金額が大きく変動することとなります。

そのため、例年よりも金額に変動が見られる原因について確認する意味で調査対象とされる可能性が高まるのです。 逆に言えば、税理士を変更しなくても、会計処理の方法を大きく変更すれば税務調査が入りやすくなるとも言えます。 会計処理方法を変えたり、または税務調査と税理士変更のタイミングが重なったりすることがなければ、税理士を変更しただけで税務調査がやって来ることはないのです。

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税務署に“密告”される!? 「税理士を変更すると税務調査が来やすい」は本当か【税理...

https://news.yahoo.co.jp/articles/1830ca282090a57ca97586f838958538ded7be63

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